Если вы хотите скрыть приложения из выпадающего меню кнопки Пуск из папки "C:\Documents and Settings\All Users\Главное меню\Программы", то откройте раздел

HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Policies\Explоrer
и создайте параметр типа DWORD NoCommonGroups со значением 1.

Когда меню Пуск-Программы переполняется ярлыками, то в Windows 98 появляется прокрутка и достаточно ею неудобно пользоваться. В новых версиях Windows такой проблемы нет. При переполнении оно само разворачивается, если не используется "Использовать сокращенные меню" в Панели задач. В Windows 98 тоже можно добиться такого же поведения, избавившись от скроллинга. Для этого используйте строковый параметр StartMenuScrollPrograms со значением No в разделе:

HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\Advanced
Соответсвенно, если в новых версиях Windows вас не устраивает такое поведение и вы предпочитаете прокрутку, то используйте значение Yes

Если вы хотите запретить контекстное меню кнопки Пуск, позволяющее удалять, переименовывать и т.д., а также возможность перемещения пунктов меню методом drag-n-drop, то откройте раздел

HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Policies\Explоrer
и создайте параметр NoChangeStartMenu типа DWORD со значением 1.

Выключить компьютер можно двумя способами

Используя команду Завершение работы меню кнопки Пуск

Открывая окно Завершение работы программы нажатием кнопок Ctrl+Alt+Del и нажимая кнопку Завершить работу

Windows позволяет запретить выключение этими способами для текущего пользователя

Для этого откройте раздел
HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Policies\Explоrer
и создайте параметр типа DWORD NoClose со значением 1.
Кнопка Завершить работу в окне Завершение работы программы станет недоступной сразу же после изменения в реестре. После перезагрузки пункт Завершение работы исчезнет из меню кнопки Пуск

Это относится только к стандартным средствам Windows. Специальные программы или утилиты по-прежнему могут выключать компьютер

Удаление команды Все программы
Если вы хотите удалить команду Все программы кнопки Пуск (в стиле XP), то откройте раздел

HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Policies\Explоrer
и создайте параметр типа DWORD NoStartMenuMorePrograms со значением, равным 1.