Чтобы скрыть пункт Управление из контекстного меню значка Мой компьютер, создайте параметр типа DWORD NoManageMyComputerVerb со значением 1 в разделе

HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Policies\Explorer
Примечание: Данный пункт запускает утилиту compmgmt.msc. Удаление пункта не удаляет саму программу

Можно пойти более радикальным путем - удалите раздел
HKEY_CLASSES_ROOT\CLSID\{20D04FE0-3AEA-1069-A2D8-08002B30309D}\shell\Manage

Чтобы скрыть папку Общие документы из папки Мой компьютер, удалите ключ {59031a47-3f72-44a7-89c5-5595fe6b30ee} из раздела

HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\My Computer\NameSpace\DelegateFolders

Если выбрать пункт Свойства в контекстном меню при нажатии правой кнопкой мыши на диске в окне Мой компьютер и перейти на вкладку Сервис, то там присутствует возможность запуска некоторых дисковых утилит. Можно прописать туда свои программы вместо установленных по умолчанию. Откройте раздел
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\MyComputer. В этом разделе уже могут находиться некоторые подразделы, отвечающие за дисковые утилиты. Если их нет, то создайте их сами и в значениях по умолчанию задайте путь к вашему приложению.

Чтобы удалить значок Мой компьютер из Рабочего стола, откройте раздел

HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Policies\NonEnum
и присвойте параметру типа DWORD {20D04FE0-3AEA-1069-A2D8-08002B30309D} значение 1.